സംഘകൃതികളില്‍ ചേരരാജാകന്മാരുടെ ഭരണ സിരാകേന്ദ്രമായി വിശേഷിപ്പിച്ചിരുന്ന തൊണ്ടി കടലുണ്ടിയാണെന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ രചിക്കപ്പെട്ട പെരിപ്ലസിന്റെ എരിത്രിയന്‍ കടല്‍യാത്ര എന്ന പുസ്തകത്തില്‍ കടലുണ്ടിയെ ഒരു തുറമുഖ പട്ടണമായാണ് വിശേഷിപ്പിക്കുന്നത്.

റോം, അറേബ്യ തുടങ്ങിയ വിദേശരാജ്യങ്ങളുമായി കടലുണ്ടിക്ക് അക്കാലത്ത് വിപുലമായ വ്യാപാരബന്ധമുണ്ടായിരുന്നുവെന്നതിന് തെളിവുകളുണ്ട്.

പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ആരംഭദശയില്‍ രണ്ടാം ചേരരാജവംശത്തിന്റെ
അസ്തമയത്തോടെ നാടുവാഴിത്ത ഭരണക്രമമാരംഭിച്ചപ്പോള്‍ ഈ പ്രദേശത്തിന്റെ അധികാരം പരപ്പനാട് കോവിലകക്കാരുടെ കൈകളിലായി. പരപ്പനാട് രാജാവ് ഡച്ചുകാര്‍ക്ക് ചാലിയത്ത് കോട്ട നിര്‍മിക്കാന്‍ അനുമതി നല്‍കി. സാമൂതിരിയുമായുള്ള യുദ്ധത്തില്‍ കോട്ട പരിപൂര്‍ണമായും തകര്‍ന്നെങ്കിലും ചാലിയത്തെ മുല്ല എന്ന സ്ഥലത്ത് ഇന്നും കോട്ടയുടെ അവശിഷ്ടങ്ങള്‍ കാണാം.

ക്ഷേത്രങ്ങളെ കേന്ദ്രീകരിച്ചുള്ള തറക്കൂട്ടങ്ങളിലൂടെയായിരുന്നു
പരപ്പനാട് രാജവംശം ഭരണം നടത്തിയിരുന്നത്. കടലുണ്ടിയെ മണ്ണൂര്‍(മണ്ണൂര്‍ ശിവക്ഷേത്രം), കടലുണ്ടി(പഴഞ്ചണ്ണൂര്‍) എന്നൂ രണ്ടു തുറകളായി തിരിച്ചാണ് ഭരണം നടത്തിയിരുന്നത്. ഭൂമിയുടെ അവകാശം അതാത് ദേവസ്വത്തിനു കീഴിലുള്ള ജന്മിമാര്‍ക്കായിരുന്നു. കാലക്രമേണ ദേവസ്വങ്ങളുടെ അധികാരം പെറുമ്പറമ്പ്(മണ്ണൂര്‍), മനേഴി എന്നീ രണ്ട് തറവാട്ടുകാര്‍ക്കായി. ഇവര്‍ക്കു കീഴില്‍ പുന്നോളി കോറോത്ത്, പുന്നോളി ഇരുപ്പാട്ടില്‍, കുറ്റിക്കാട്ടില്‍, അമ്പാളി, കൂര്‍മ്മന്തറഷ പുതിയകം എന്നീ ജന്മിതറവാട്ടുകളും ഉണ്ടായിരുന്നു. തുടര്‍ന്ന് ഈ പ്രദേശവും ഈ ബ്രിട്ടീഷ് ഭരണത്തിന്‍ കീഴിലായെങ്കിലും ഭൂവുടമ സമ്പ്രദായത്തില്‍ മാറ്റമൊന്നുമുണ്ടായില്ല. 1861 ഓടെ കച്ചവടാവശ്യാര്‍ഥം ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ ചാലിയം വരെ റയില്‍പ്പാത നീട്ടി. എന്നാല്‍ വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കുശേഷം കോഴിക്കോട് മുഖ്യകേന്ദ്രമായി വികസിച്ചതോടെ റയില്‍പ്പാതകള്‍ നീക്കം ചെയ്‌തെങ്കിലും റയില്‍വേ കിണറും ലൈറ്റ് ഹൗസും ഫോറസ്റ്റ് ഡിപ്പോയും ഇന്നു തെളിവായി കാണാം. മാലിക് ദീനാറും ശിഷ്യന്മാരും പ്രാര്‍ഥിച്ചിരുന്നുവെന്ന് വിശ്വസിക്കുന്ന പുഴക്കരപള്ളി ചാലിയത്തെ ഏറ്റവും മികച്ച ചരിത്രശേഷിപ്പാണ്.